所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将DNA(或者cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应,检测对应的信号并获取序列信息。与传统测序法相比,高通量测序技术在处理大规模样品时具有强大的优势,又快(两天)又多(数百万克隆),成为目前组学研究的主要技术。空间转录组测序是一个系统的工程,开展项目前您可能会先评估它提供的见解是否与您的研究问题相匹配,如果匹配,实验过程如何规划,实验平台如何选择,样本如何制备,数据如何分析等等,而在这一切开始之前,我们的服务就已经开始了,从销售到实验到专业技术支持,我们开通全线对接渠道,帮助您快速定位项目诉求,提供从实验设计到文章发表的全流程,我们始终是您贴心的科学合作伙伴。烈冰专精空间转录组测序领域。西安BD空间转录组测序价格
10x Genomics空间转录组测序技术通过将组织切片的高通量mRNA分析和形态学背景整合,使基因表达谱可以被定位回它们的原始空间位置。传统的空间转录组测序技术局限于冰冻组织切片。10x Genomics推出全新的针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案,该技术打破从FFPE组织样本中获取空间全部转录组基因表达信息的壁垒,能够从FFPE样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息,在形态学背景下实现真正的探索发现,进一步扩展空间生物学的可能性。苏州高通量测序空间转录组测序空间转录组测序技术提供了空间转录组水平下的科学研究视角。
当前的技术主要有四种策略:1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中,可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于身核苷酸的空间条码加上NGS测序。
烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。烈冰生物全转录组测序通过双文库构建,实现多种RNA的一网打尽。
空间转录组测序的关键就在于,解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后,会被进行透化处理,释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域,每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来,然后再进行测序后,通过条形码将不同区域的测序结果,映射到对应的组织位置上,拼贴形成组织样品的空间转录组图像。空间转录组测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系,一度成为高通量测序技术的“天花板”。广州BD空间转录组商业化服务
附加流式分选细胞表面Marker,对于较低分辨率的标志物也能有效鉴定,助力高要求测序项目。西安BD空间转录组测序价格
细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,通过记录组织切片细胞的空间信息,捕获组织切片中的组织学信息;通过免疫荧光进行蛋白组检测,将基因表达谱映射回组织样本中的原始位置,同时获得细胞/基因的空间表达特异性。该技术可以为神经科学,发育生物学,免疫生理学等领域的研究提供组织和基因表达情况的新视角。西安BD空间转录组测序价格
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